Maanalaisella rautatiellä tarkoitettiin 1700-1800 -luvuilla toiminutta vapaaehtoisten salaisten avustajien ja turvatalojen verkostoa, joka auttoi orjia pakenemaan etelästä pohjoiseen, orjuudesta vapauteen. Whitehead on kirjoittanut vaihtoehtoisen historian, jossa paetaan todellisella maan alla kulkevalla junalla. Asemat on piilotettu talojen ja vajojen lattialuukkujen alle ja höyryjunaa kuljettavat ja pitävät kunnossa vapaaehtoiset. Kukaan ei tunne kaikkia reittejä ja asemia, jotta ne pysyisivät salassa.
Päähenkilö on Cora, joka syntyy orjan tyttäreksi puuvillaplantaasille Georgiassa. Cora on vasta 10-vuotias, kun hänen äitinsä hylkää hänet ja karkaa. Mabel on ainoa plantaasilta onnistuneesti paennut orja.
Coran huonot olosuhteet käyvät yhä huonommiksi, kun plantaasin isäntä kuolee ja hänen julma veljensä ottaa plantaasin haltuun. Kukaan ei huolehdi lapsesta ja kasvaessaan Cora kokee raakaa väkivaltaa sekä orjien että isäntien taholta. Tulevaisuus ei lupaa mitään parempaa. Hänen ystävänsä Ceasar houkuttelee hänet mukanaan karkaamaan, maanalaisen rautatien avulla.
Matka kohti pohjoista ja vapautta on vaarallinen ja vaikea. Karanneita orjia jäljitetään järjestelmällisesti ja kiinni saadut palautetaan isännilleen, useinkin kuolemaan mahdollisimman raa'alla tavalla varoittavaksi esimerkiksi muille orjille. Orjanmetsästäjä Ridgeway etsii erityisesti Coraa, koska kokee tämän äidin onnistuneen paon nöyryyttävänä, henkilökohtaisena tappionaan.
Tunnelin päässä on kuitenkin valoa. Rautatien ensimmäinen etappi on plantaasiin verrattuna paratiisi. Cora saa asunnon, työtä ja opetusta ja kaikki vaikuttaa olevan hyvin, kunnes hänelle paljastuu turvatalon asukkaiden hyväksikäyttö lääketieteellisiin tutkimustarkoituksiin rodunjalostuperiaatteiden vuoksi. Mustat naiset halutaan sterilisoida. Cora selviää uhasta ja Ridgewayn kiinniottoyrityksestä edelleen maanalaisen rautatien avulla, Caesar ei.
Whitehead kuvaa onnistuneesti eri osavaltioiden eroja suhteessa orjuuteen. Coran seuraava pakopaikka on vaarallinen loukku. Hän päätyy kaupunkiin, jossa juhlitaan säännöllisesti tummaihoisten hirttäjäisiä. Rautatien salainen asiamies piilottelee Coraa talonsa ullakolla oman henkensä ja perheensä hengen uhalla.
Colson Whiteheadin teos marssittaa lukijan silmien eteen vääryyden ja väkivallanteon toisensa jälkeen ja kysyy, mitä vapaus oikeastaan tarkoittaa. Se ei ole joko-tai eikä välttämättä pysyvä olotila. Valkoisetkaan eivät voi vapaasti toimia omatuntonsa mukaan. Menneisyys on monelle kahle. Hengen vapaus ja ajattelun vapaus voi olla mahdollinen silloinkin, kun ihmiskeho on kauppatavaraa.
Päähenkilön matkan ja kokemusten kautta teoksessa tarkastellaan rasismin ja vastakkainasettelujen syitä, jotka yhä vaikuttavat nykypäivänkin Yhdysvalloissa. Coran elämä sivuaa orjuutta, vapautettujen orjien vaikeaa ja uhanalaista elämää sekä alkuperäiskansojen menetyksiä. Rasismin, rakenteellisen väkivallan ja epätasa-arvon teemat ovat vieläkin ajankohtaisia, kaksisataa vuotta Coran kokemusten jälkeen.
Katso myös: Ta-Nehisi Coates - Vesitanssija